Skip to content
体验新版
项目
组织
正在加载...
登录
切换导航
打开侧边栏
PaddlePaddle
models
提交
e58b95e6
M
models
项目概览
PaddlePaddle
/
models
大约 1 年 前同步成功
通知
222
Star
6828
Fork
2962
代码
文件
提交
分支
Tags
贡献者
分支图
Diff
Issue
602
列表
看板
标记
里程碑
合并请求
255
Wiki
0
Wiki
分析
仓库
DevOps
项目成员
Pages
M
models
项目概览
项目概览
详情
发布
仓库
仓库
文件
提交
分支
标签
贡献者
分支图
比较
Issue
602
Issue
602
列表
看板
标记
里程碑
合并请求
255
合并请求
255
Pages
分析
分析
仓库分析
DevOps
Wiki
0
Wiki
成员
成员
收起侧边栏
关闭侧边栏
动态
分支图
创建新Issue
提交
Issue看板
未验证
提交
e58b95e6
编写于
2月 21, 2023
作者:
C
cinderellaTiger
提交者:
GitHub
2月 21, 2023
浏览文件
操作
浏览文件
下载
电子邮件补丁
差异文件
Update benchmark_cn.md (#5723)
上级
8f60b36e
变更
1
显示空白变更内容
内联
并排
Showing
1 changed file
with
7 addition
and
7 deletion
+7
-7
modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md
modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md
+7
-7
未找到文件。
modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md
浏览文件 @
e58b95e6
...
...
@@ -4,18 +4,18 @@
PP-Helixfold模型的推理测试是在NVIDIA A100 (40G)单卡上完成的,batch size大小为1。为了能复现我们论文中报告的实验结果,需在特定环境下进行实验。
*
Python: 3.7
*
CUDA 11.
2
*
CUDNN 8.
10.1
*
NCCL 2.1
2.12.
*
CUDA 11.
6
*
CUDNN 8.
4.0
*
NCCL 2.1
4.13
### 1.2 数据集
PP-HelixFold模型使用的训练样本25%来自RCSB PDB,75%来自自蒸馏数据集。测试时,我们搜集了87个CASP14的结构域蛋白和
371个从2021-09-04到2022-02-19
的CAMEO蛋白作为测试集。
PP-HelixFold模型使用的训练样本25%来自RCSB PDB,75%来自自蒸馏数据集。测试时,我们搜集了87个CASP14的结构域蛋白和
60个从2022-08-01到2022-08-31
的CAMEO蛋白作为测试集。
### 1.3 模型效果
通过与原版AlphaFold2模型和哥伦比亚大学Mohammed AlQuraishi教授团队基于PyTorch复现的OpenFold模型的性能对比测试显示,PP-HelixFold模型的训练性能相比AlphaFold2提升106.97%,相比OpenFold提升104.86%,将训练耗时从约11天减少到
7.5天,并且在使用混合并行时能进一步降低至5.3天。在性能大幅度提升的同时,PP-HelixFold从头端到端完整训练可以达到AlphaFold2论文媲美的精度。在包含87个蛋白的CASP14数据集和371个蛋白的CAMEO数据集上,PP-HelixFold模型的TM-score指标分别达到0.8771和0.8885
,与原版AlphaFold2准确率相当甚至更优。
通过与原版AlphaFold2模型和哥伦比亚大学Mohammed AlQuraishi教授团队基于PyTorch复现的OpenFold模型的性能对比测试显示,PP-HelixFold模型的训练性能相比AlphaFold2提升106.97%,相比OpenFold提升104.86%,将训练耗时从约11天减少到
5.12天,并且在使用混合并行时能进一步降低至2.89天。在性能大幅度提升的同时,PP-HelixFold从头端到端完整训练可以达到AlphaFold2论文媲美的精度。在包含87个蛋白的CASP14数据集和60个蛋白的CAMEO数据集上,PP-HelixFold模型的TM-score指标分别达到0.8771和0.9026
,与原版AlphaFold2准确率相当甚至更优。
![](
https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_computational_perf
ormance
.png
)
![](
https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_accuracy.png
)
![](
https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_computational_perf.png
)
![](
https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_
infer_
accuracy.png
)
## 2. 相关使用说明
...
...
编辑
预览
Markdown
is supported
0%
请重试
或
添加新附件
.
添加附件
取消
You are about to add
0
people
to the discussion. Proceed with caution.
先完成此消息的编辑!
取消
想要评论请
注册
或
登录