From e58b95e631e71d80517d781024dca6c5953517b9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: cinderellaTiger <114470934+cinderellaTiger@users.noreply.github.com> Date: Tue, 21 Feb 2023 23:30:51 +0800 Subject: [PATCH] Update benchmark_cn.md (#5723) --- modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md | 14 +++++++------- 1 file changed, 7 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md b/modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md index ffe7c650..40429473 100644 --- a/modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md +++ b/modelcenter/PP-HelixFold/benchmark_cn.md @@ -4,18 +4,18 @@ PP-Helixfold模型的推理测试是在NVIDIA A100 (40G)单卡上完成的，batch size大小为1。为了能复现我们论文中报告的实验结果，需在特定环境下进行实验。 * Python: 3.7 -* CUDA 11.2 -* CUDNN 8.10.1 -* NCCL 2.12.12. +* CUDA 11.6 +* CUDNN 8.4.0 +* NCCL 2.14.13 ### 1.2 数据集 -PP-HelixFold模型使用的训练样本25%来自RCSB PDB，75%来自自蒸馏数据集。测试时，我们搜集了87个CASP14的结构域蛋白和371个从2021-09-04到2022-02-19的CAMEO蛋白作为测试集。 +PP-HelixFold模型使用的训练样本25%来自RCSB PDB，75%来自自蒸馏数据集。测试时，我们搜集了87个CASP14的结构域蛋白和60个从2022-08-01到2022-08-31的CAMEO蛋白作为测试集。 ### 1.3 模型效果 -通过与原版AlphaFold2模型和哥伦比亚大学Mohammed AlQuraishi教授团队基于PyTorch复现的OpenFold模型的性能对比测试显示，PP-HelixFold模型的训练性能相比AlphaFold2提升106.97%，相比OpenFold提升104.86%，将训练耗时从约11天减少到7.5天，并且在使用混合并行时能进一步降低至5.3天。在性能大幅度提升的同时，PP-HelixFold从头端到端完整训练可以达到AlphaFold2论文媲美的精度。在包含87个蛋白的CASP14数据集和371个蛋白的CAMEO数据集上，PP-HelixFold模型的TM-score指标分别达到0.8771和0.8885，与原版AlphaFold2准确率相当甚至更优。 +通过与原版AlphaFold2模型和哥伦比亚大学Mohammed AlQuraishi教授团队基于PyTorch复现的OpenFold模型的性能对比测试显示，PP-HelixFold模型的训练性能相比AlphaFold2提升106.97%，相比OpenFold提升104.86%，将训练耗时从约11天减少到5.12天，并且在使用混合并行时能进一步降低至2.89天。在性能大幅度提升的同时，PP-HelixFold从头端到端完整训练可以达到AlphaFold2论文媲美的精度。在包含87个蛋白的CASP14数据集和60个蛋白的CAMEO数据集上，PP-HelixFold模型的TM-score指标分别达到0.8771和0.9026，与原版AlphaFold2准确率相当甚至更优。 -![](https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_computational_performance.png) -![](https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_accuracy.png) +![](https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_computational_perf.png) +![](https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/.github/HelixFold_infer_accuracy.png) ## 2. 相关使用说明 -- GitLab