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a36747c1
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3月 07, 2023
作者:
rictjo
提交者:
GitHub
3月 07, 2023
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Update hierarchical.py
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1 changed file
with
6 addition
and
6 deletion
+6
-6
src/impetuous/hierarchical.py
src/impetuous/hierarchical.py
+6
-6
未找到文件。
src/impetuous/hierarchical.py
浏览文件 @
a36747c1
...
...
@@ -103,11 +103,11 @@ def HierarchalEnrichment (
def
HierarchicalEnrichment
(
analyte_df
,
dag_df
,
dag_level_label
=
'DAG,l'
,
ancestors_id_label
=
'aid'
,
id_name
=
None
,
threshold
=
0.05
,
p_label
=
'C(Status),p'
,
analyte_name_label
=
'analytes'
,
item_delimiter
=
','
,
alexa_elim
=
False
,
alternative
=
'two-sided'
,
test_type
:
str
=
'fisher'
analyte_df
:
pd
.
DataFrame
,
dag_df
:
pd
.
DataFrame
,
dag_level_label
:
str
=
'DAG,l'
,
ancestors_id_label
:
str
=
'aid'
,
id_name
:
str
=
None
,
threshold
:
float
=
0.05
,
p_label
:
str
=
'C(Status),p'
,
analyte_name_label
:
str
=
'analytes'
,
item_delimiter
:
str
=
','
,
alexa_elim
:
bool
=
False
,
alternative
:
str
=
'two-sided'
,
test_type
:
str
=
'fisher'
,
bNoMasking
:
bool
=
False
)
:
#
# NEEDS AN ANALYTE SIGNIFICANCE FRAME:
...
...
@@ -151,7 +151,7 @@ def HierarchicalEnrichment (
tolerance
=
threshold
,
alternative
=
alternative
,
TestType
=
test_type
)
node_sig
[
node
]
=
pv
;
node_odds
[
node
]
=
odds
;
marked_
=
set
(
group
.
index
.
values
)
ancestors
=
df
.
loc
[
node
,
ancestors_id_label
].
replace
(
'
\n
'
,
''
).
replace
(
' '
,
''
).
split
(
item_delimiter
)
if
alexa_elim
and
pv
>
threshold
:
# USE ALEXAS ELIM ALGORITHM : IS NOT DEFAULT
if
(
alexa_elim
and
pv
>
threshold
)
or
bNoMasking
:
# USE ALEXAS ELIM ALGORITHM : IS NOT DEFAULT
continue
for
u
in
ancestors
:
if
u
in
marked_analytes
:
...
...
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