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898acb06
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11月 01, 2020
作者:
rictjo
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3e6127a3
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2
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并排
Showing
2 changed file
with
3 addition
and
3 deletion
+3
-3
setup.py
setup.py
+1
-1
src/impetuous/reducer.py
src/impetuous/reducer.py
+2
-2
未找到文件。
setup.py
浏览文件 @
898acb06
...
...
@@ -5,7 +5,7 @@ with open("README.md", "r") as fh:
setuptools
.
setup
(
name
=
"impetuous-gfa"
,
version
=
"0.21.
2
"
,
version
=
"0.21.
4
"
,
author
=
"Richard Tjörnhammar"
,
author_email
=
"richard.tjornhammar@gmail.com"
,
description
=
"Impetuous Quantification, Alignments, Enrichments and Group Analysis"
,
...
...
src/impetuous/reducer.py
浏览文件 @
898acb06
...
...
@@ -39,9 +39,9 @@ def padded_rolling_average( tv , tau ) :
return
(
tv
)
if
len
(
tv
)
<
tau
:
return
(
[
np
.
mean
(
v_
)
for
v_
in
tv
]
)
centered
=
lambda
x
:(
np
.
min
(
x
),
np
.
max
(
x
)
)
;
N
=
len
(
tv
);
centered
=
lambda
x
:(
x
[
0
],
x
[
1
]
)
;
N
=
len
(
tv
);
w
=
int
(
np
.
floor
(
np
.
abs
(
tau
)
*
0.5
))
;
jid
=
lambda
i
,
w
,
N
:[
int
((
i
-
w
)
>
0
)
*
(
i
-
w
)
%
N
,
i
,
int
(
i
+
w
<
N
)
*
(
i
+
w
)
%
N
+
int
(
i
+
w
>=
N
)
*
(
N
-
1
)]
jid
=
lambda
i
,
w
,
N
:[
int
((
i
-
w
)
>
0
)
*
(
(
i
-
w
)
%
N
),
int
(
i
+
w
<
N
)
*
((
i
+
w
)
%
N
)
+
int
(
i
+
w
>=
N
)
*
(
N
-
1
)]
idx
=
[
centered
(
jid
(
i
,
w
,
N
)
)
for
i
in
range
(
N
)
]
mvalues
=
[
np
.
mean
(
tv
[
i
[
0
]:
i
[
1
]])
for
i
in
idx
]
return
(
mvalues
)
...
...
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