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4fa0b973
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4月 01, 2022
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rictjo
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+24
-2
src/impetuous/clustering.py
src/impetuous/clustering.py
+24
-2
未找到文件。
src/impetuous/clustering.py
浏览文件 @
4fa0b973
...
...
@@ -778,6 +778,28 @@ def linkage_dict_tuples ( D:np.array , method:str = 'min' ) -> dict :
linkages
[
(
i
,)
]
=
0
return
(
linkages
)
def
linkage_hier
(
D
:
np
.
array
,
method
:
str
=
'min'
)
->
dict
:
N
=
len
(
D
)
dm
=
np
.
max
(
D
)
*
1.1
idx
=
list
()
for
i
in
range
(
N
):
D
[
i
,
i
]
=
dm
;
idx
.
append
(
i
)
cidx
=
[]
sidx
=
set
()
res
=
[
D
]
linkages
=
dict
()
while
(
len
(
res
[
0
])
>
1
)
:
res
=
link1_
(
res
[
0
]
,
method
)
oidx
=
tuple
(
[
idx
[
i
]
for
i
in
res
[
1
]
])
unique_local_clusters
=
[
c
for
c
in
cidx
if
len
(
set
(
c
)
-
set
(
unpack
(
oidx
))
)
>
0
]
unique_local_clusters
.
append
(
oidx
)
cidx
.
append
(
oidx
)
sidx
=
sidx
|
set
(
unpack
(
oidx
))
idx
=
[
*
unique_local_clusters
[::
-
1
]
,
*
[
i
for
i
in
range
(
N
)
if
not
i
in
sidx
]]
linkages
[
oidx
]
=
res
[
-
1
]
for
i
in
range
(
N
)
:
linkages
[
(
i
,)
]
=
0
return
(
linkages
)
def
lint2lstr
(
seq
:
list
[
int
]
)
->
list
[
str
]
:
if
isinstance
(
seq
,(
list
,
tuple
,
set
))
:
yield
from
(
str
(
x
)
for
y
in
seq
for
x
in
lint2lstr
(
y
)
)
...
...
@@ -791,9 +813,9 @@ def linkages ( distm:np.array , command:str='min' ,
distm
=
distm
.
copy
()
if
bUseScipy
:
from
scipy.cluster.hierarchy
import
linkage
as
sclinks
from
scipy.spatial.distance
import
squareform
from
scipy.spatial.distance
import
squareform
from
scipy.cluster.hierarchy
import
fcluster
from
impetuous.hierarchical
import
matrixZ2linkage_dict_tuples
from
impetuous.hierarchical
import
matrixZ2linkage_dict_tuples
Z
=
sclinks
(
squareform
(
distm
)
,
{
'min'
:
'single'
,
'max'
:
'complete'
}[
command
]
)
linkages_
=
matrixZ2linkage_dict_tuples
(
Z
)
else
:
...
...
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