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4a330376
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11月 08, 2019
作者:
rictjo
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rho for +,- same p values
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0c00ec7a
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Showing
3 changed file
with
6 addition
and
6 deletion
+6
-6
README.md
README.md
+2
-2
setup.py
setup.py
+1
-1
src/impetuous/quantification.py
src/impetuous/quantification.py
+3
-3
未找到文件。
README.md
浏览文件 @
4a330376
...
...
@@ -15,10 +15,10 @@ Visit the active code via :
https://github.com/richardtjornhammar/impetuous
Visit the published code :
https://doi.org/10.5281/zenodo.259469
1
https://doi.org/10.5281/zenodo.259469
0
Cite using :
DOI: 10.5281/zenodo.259469
1
DOI: 10.5281/zenodo.259469
0
Install with :
pip install impetuous-gfa
setup.py
浏览文件 @
4a330376
...
...
@@ -5,7 +5,7 @@ with open("README.md", "r") as fh:
setuptools
.
setup
(
name
=
"impetuous-gfa"
,
version
=
"0.9.1
3
"
,
version
=
"0.9.1
4
"
,
author
=
"Richard Tjörnhammar"
,
author_email
=
"richard.tjornhammar@gmail.com"
,
description
=
"Impetuous Quantification, Enrichment and Group Variation Analysis"
,
...
...
src/impetuous/quantification.py
浏览文件 @
4a330376
...
...
@@ -188,12 +188,12 @@ def run_rpls_regression ( analyte_df , journal_df , formula ,
use_labels
.
append
(
'-'
.
join
(
ax
)
)
use_centroids
.
append
(
axis_direction
)
#
proj_df
=
pd
.
DataFrame
(
[
[
np
.
abs
(
proj
(
P
/
xi_l
,
R
/
xi_l
)
)
for
P
in
rpls_res
.
x_weights_
]
for
R
in
use_centroids
]
,
proj_df
=
pd
.
DataFrame
(
[
[
proj
(
P
/
xi_l
,
R
/
xi_l
)
for
P
in
rpls_res
.
x_weights_
]
for
R
in
use_centroids
]
,
index
=
use_labels
,
columns
=
analyte_df
.
index
.
values
)
#
# P VALUES ALIGNED TO PLS AXES
for
idx
in
proj_df
.
index
:
proj_p
,
proj_rho
=
quantify_density_probability
(
proj_df
.
loc
[
idx
,:].
values
)
proj_p
,
proj_rho
=
quantify_density_probability
(
[
np
.
abs
(
rho
)
for
rho
in
proj_df
.
loc
[
idx
,:].
values
]
)
proj_df
=
proj_df
.
rename
(
index
=
{
idx
:
idx
+
',r'
}
)
proj_df
.
loc
[
idx
+
',p'
]
=
proj_p
proj_df
.
loc
[
idx
+
',rho'
]
=
proj_rho
...
...
@@ -524,7 +524,7 @@ def group_significance( subset , all_analytes_df = None ,
def
quantify_groups_by_analyte_pvalues
(
analyte_df
,
grouping_file
,
delimiter
=
'
\t
'
,
tolerance
=
0.05
,
p_label
=
'C(Status),p'
,
group_prefix
=
''
,
alternative
=
'two-sided'
)
:
group_prefix
=
''
,
alternative
=
'two-sided'
)
:
AllAnalytes
=
set
(
analyte_df
.
index
.
values
)
;
nidx
=
len
(
AllAnalytes
)
SigAnalytes
=
set
(
analyte_df
.
iloc
[
(
analyte_df
.
loc
[:,
p_label
].
values
<
tolerance
),
:
].
index
.
values
)
if
len
(
AllAnalytes
)
==
len
(
SigAnalytes
)
:
...
...
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