23.md

# 2.4\. 双聚类

校验者:
        [@udy](https://github.com/apachecn/scikit-learn-doc-zh)
翻译者:
        [@程威](https://github.com/apachecn/scikit-learn-doc-zh)

Biclustering 可以使用 [`sklearn.cluster.bicluster`](classes.html#module-sklearn.cluster.bicluster "sklearn.cluster.bicluster") 模块。 Biclustering 算法对数据矩阵的行列同时进行聚类。 同时对行列进行聚类称之为 biclusters。 每一次聚类都会通过原始数据矩阵的一些属性确定一个子矩阵。

例如, 一个矩阵 `(10, 10)` , 一个 bicluster 聚类，有三列二行，就是一个子矩阵 `(3, 2)`

```py
>>> import numpy as np
>>> data = np.arange(100).reshape(10, 10)
>>> rows = np.array([0, 2, 3])[:, np.newaxis]
>>> columns = np.array([1, 2])
>>> data[rows, columns]
array([[ 1,  2],
 [21, 22],
 [31, 32]])

```

为了可视化， 给定一个 bicluster 聚类，数据矩阵的行列可以重新分配，使得 bi-cluster 是连续的。

算法在如何定义 bicluster 方面有一些不同，常见类型包括：

*   不变的 values , 不变的 rows, 或者不变的 columns。
*   异常高的或者低的值。
*   低方差的子矩阵。
*   相关的 rows 或者 columns。

算法在分配给 bicluster 行列的方式不同, 会导致不同的 bicluster 结构。 当行和列分成分区时，会发生对角线或者棋盘结构。

如果每一行和每一列同属于一种 bicluster ,就重新排列数据矩阵的行和列,会使得 bicluster 呈现对角线。 下面是一个例子，此结构的biclusters 具有比其他行列更高的平均值:

[![http://sklearn.apachecn.org/cn/0.19.0/_images/sphx_glr_plot_spectral_coclustering_0031.png](img/9812effbd6ddac1053fd0b63ebe8c2fb.jpg)](https://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/images/sphx_glr_plot_spectral_coclustering_003.png)

在棋盘结构的例子中, 每一行属于所有的列类别, 每一列属于所有的行类别。 下面是一个例子，每个 bicluster 中的值差异较小:

[![http://sklearn.apachecn.org/cn/0.19.0/_images/sphx_glr_plot_spectral_biclustering_0031.png](img/4e0d8935ff82f26fc3a46a3202bd1fa3.jpg)](https://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/images/sphx_glr_plot_spectral_biclustering_003.png)

在拟合模型之后， 可以在 `rows_` 和 `columns_` 属性中找到行列 cluster membership 。 `rows_[i]` 是一个二进制的向量， 就是属于 bicluster `i` 的一行。 同样的, `columns_[i]` 就表示属于 bicluster `i` 的列。

一些模块也有 `row_labels_` 何 `column_labels_` 属性。 这些模块对行列进行分区, 例如对角线或者棋盘 bicluster 结构。

Note

Biclustering 在不同的领域有很多其他名称，包括 co-clustering, two-mode clustering, two-way clustering, block clustering, coupled two-way clustering 等.有一些算法的名称，比如 Spectral Co-Clustering algorithm, 反应了这些备用名称。

## 2.4.1\. Spectral Co-Clustering

> [`SpectralCoclustering`](https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.cluster.bicluster.SpectralCoclustering.html#sklearn.cluster.bicluster.SpectralCoclustering "sklearn.cluster.bicluster.SpectralCoclustering") 算法找到的 bicluster 的值比相应的其他行和列更高。

每一个行和列都只属于一个 bicluster, 所以重新分配行和列，使得分区连续显示对角线上的 high value:

Note

算法将输入的数据矩阵看做成二分图：该矩阵的行和列对应于两组顶点，每个条目对应于行和列之间的边，该算法近似的进行归一化，对图进行切割，找到更重的子图。

### 2.4.1.1\. 数学公式

找到最优归一化剪切的近似解，可以通过图形的 Laplacian 的广义特征值分解。 通常这意味着直接使用 Laplacian 矩阵. 如果原始数据矩阵 ![A](img/eeaf066f8cca5064b706ccfc4728323d.jpg) 有形状 ![m
\times n](img/20d6857e752f6ffdfdd20a88c32f837c.jpg), 则对应的 bipartite 图的 Laplacian 矩阵具有形状 ![(m + n) \times (m + n)](img/94f627411c005fe4911552b1dd5b6ff1.jpg)。 但是, 在这种情况直接使用 ![A](img/eeaf066f8cca5064b706ccfc4728323d.jpg) , 因为它更小，更有作用。

输入矩阵 ![A](img/eeaf066f8cca5064b706ccfc4728323d.jpg) 被预处理如下:

![A_n = R^{-1/2} A C^{-1/2}](img/def4737951f9990642e65b2403941350.jpg)

![R](img/0fccbdc535b0a4d8003725e8ad606561.jpg) 是 ![i](img/43e13b580daefe5ba754b790dfbd216c.jpg) 对角线矩阵，和 ![\sum_{j} A_{ij}](img/f9e7fc3940e2875bf542aeda657d0718.jpg) 相同， ![C](img/4b6d782a67ac392e97215c46b7590bf7.jpg) 是 ![j](img/7b215f2882ce8aaa33a97e43ad626314.jpg) 的对角吸纳矩阵，等同于 ![\sum_{i} A_{ij}](img/38437ee82743c886e2ebfbb5bd5e0c89.jpg)。

奇异值分解, ![A_n = U \Sigma V^\top](img/93074566222e67121a8ab55e90d8e1af.jpg) , 提供了 ![A](img/eeaf066f8cca5064b706ccfc4728323d.jpg) 行列的分区. 左边的奇异值向量给予行分区，右边的奇异值向量给予列分区。

![\ell = \lceil \log_2 k \rceil](img/5e45807b4775fcfaca64f6363102dc5e.jpg) 奇异值向量从第二个开始, 提供所需的分区信息。 这些用于形成矩阵 :*Z*:


![Z = \begin{bmatrix} R^{-1/2} U \\\\
                    C^{-1/2} V
      \end{bmatrix}](img/33d1bf322bf0f6046a1145dbc264803b.jpg)


![U](img/11c00539ec3e5944afd76511830591db.jpg) 的列是 ![u_2, \dots, u_{\ell +1}](img/1fc7cc5cbdba693962c7708456165810.jpg), 和 ![V](img/5303ecbc70bf5189b8785555c03c54ee.jpg) 相似 。

然后 ![Z](img/8f4e82e4dfa89ac81c42992c603a953e.jpg) 的 rows 通过使用 [k-means](clustering.html#k-means) 进行聚类. `n_rows` 标签提供行分区, 剩下的 `n_columns` 标签 提供 列分区。

例子:

*   [A demo of the Spectral Co-Clustering algorithm](https://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/plot_spectral_coclustering.html#sphx-glr-auto-examples-bicluster-plot-spectral-coclustering-py): 如何用 bicluster 数据矩阵并应用。
*   [Biclustering documents with the Spectral Co-clustering algorithm](https://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/plot_bicluster_newsgroups.html#sphx-glr-auto-examples-bicluster-plot-bicluster-newsgroups-py):一个在 20 个新闻组数据集中发现 biclusters 的例子

参考文献:

*   Dhillon, Inderjit S, 2001\. [Co-clustering documents and words using bipartite spectral graph partitioning](http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.140.3011).

## 2.4.2\. Spectral Biclustering

> [`SpectralBiclustering`](https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.cluster.bicluster.SpectralBiclustering.html#sklearn.cluster.bicluster.SpectralBiclustering "sklearn.cluster.bicluster.SpectralBiclustering") 算法假设输入的数据矩阵具有隐藏的棋盘结构。 具有这种结构的矩阵的行列 可能被分区，使得在笛卡尔积中的 大部分 biclusters 的 row clusters 和 column cluster 是近似恒定的。

例如，如果有两个row 分区和三个列分区，每一行属于三个 bicluster ，每一列属于两个 bicluster。

这个算法划分矩阵的行和列，以至于提供一个相应的块状不变的棋盘矩阵，近似于原始矩阵。

### 2.4.2.1\. 数学表示

输入矩阵 ![A](img/eeaf066f8cca5064b706ccfc4728323d.jpg) 先归一化，使得棋盘模式更明显。有三种方法:

1.  _独立的行和列归一化_, as in Spectral Co-Clustering. 这个方法使得行和一个常数相加，列和变量相加。
2.  **Bistochastization**: 重复行和列归一化直到收敛。该方法使得行和列都相加

   相同的常数。

1.  **Log 归一化**: 计算数据矩阵的对数 ![L =
    \log A](img/515ee7781876d7344cc383bb43cb30ea.jpg). 列就是 ![\overline{L_{i \cdot}}](img/7ba11d33e68a1e32f2d8d9387bbc1eba.jpg), 行就是 ![\overline{L_{\cdot j}}](img/dc8f095e63b3defdb85fcf54d7d2d8c2.jpg), 总体上来看 ![\overline{L_{\cdot
    \cdot}}](img/a0bb00db4979d538e9ca2f0a8b423286.jpg) of ![L](img/639e82f3829a0ad677110cc33a028c98.jpg) 被计算的. 最后矩阵通过下面的公式计算


![K_{ij} = L_{ij} - \overline{L_{i \cdot}} - \overline{L_{\cdot
j}} + \overline{L_{\cdot \cdot}}](img/d670eea3215462f64d74d9366622a490.jpg)


归一化后，首先少量的奇异值向量被计算，只是在 Spectral Co-Clustering 算法中。

如果使用 log 归一化，则所有的奇异向量都是有意义的。但是, 如果是独立的归一化或双曲线化 被使用，第一个奇异矢量, ![u_1](img/d35b85fc7ddd819b1fec30a6ef410fc9.jpg) 和 ![v_1](img/4b64f9acb85d7f2b6169e5a58f255e44.jpg)。 会被丢弃。 从现在开始, “first” 奇异值向量与 ![u_2 \dots u_{p+1}](img/0d0c4e4a12f6e3bb90bf30161951dcc5.jpg) 和 ![v_2 \dots v_{p+1}](img/522bc8957a5d77edbdc533813dbef086.jpg) 相关，除了日志归一化的情况。

给定这些奇异值向量， 将他们排序，通过分段常数向量保证最佳近似。 使用一维 k-means 找到每个向量的近似值 并使用欧几里得距离得分。 Some subset of 最好的左右奇异值向量的子集被选择。 下一步, 数据预计到这个最佳子集的奇异向量和聚类。

例如，如果 ![p](img/e2f9b08680b30cfb80102f69264fdd5c.jpg) 奇异值向量被计算，最好按照描述找到 ![q](img/dc074c105944810a277030dfab298376.jpg) ， 其中 ![q<p](img/cc9d324e8bc61a67cc1947f73bf5b618.jpg)。 ![U](img/11c00539ec3e5944afd76511830591db.jpg) 列为，the ![q](img/dc074c105944810a277030dfab298376.jpg) 最佳左奇异向量的矩阵, 并且 ![V](img/5303ecbc70bf5189b8785555c03c54ee.jpg) 对于右边是类似的. 要划分行, 将 ![A](img/eeaf066f8cca5064b706ccfc4728323d.jpg) 的 投影到 ![q](img/dc074c105944810a277030dfab298376.jpg) 维空间: ![A * V](img/99988260d9d836d14b2569c2fc921e81.jpg)。 ![m](img/94156b879a7455cb0d516efa9c9c0991.jpg) 行 ![m \times q](img/ccc8bedf9424617c5d6a61fbe9a1cc36.jpg) 矩阵的行作为采样和使用 k-means 的聚类处理产生行标签。 类似地，将列投影到 ![A^{\top} * U](img/c57acf47ae694e71f55f0005d1e52c55.jpg) ，并且对 ![n \times q](img/cd58ff0ab17f3ead1d5179426f2dae50.jpg) 矩阵进行聚类得到列标签。

示例:

*   [A demo of the Spectral Biclustering algorithm](https://scikit-learn.org/stable/auto_examples/bicluster/plot_spectral_biclustering.html#sphx-glr-auto-examples-bicluster-plot-spectral-biclustering-py): 一个简单的例子 显示如何生成棋盘矩阵和 bicluster

.

参考文献:

*   Kluger, Yuval, et. al., 2003\. [Spectral biclustering of microarray data: coclustering genes and conditions](http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.135.1608).

## 2.4.3\. Biclustering 评测

有两种评估双组分结果的方法：内部和外部。 诸如群集稳定性等内部措施只依赖于数据和结果本身。 目前在scikit-learn中没有内部的二集群措施。外部措施是指外部信息来源，例如真正的解决方案。 当使用真实数据时，真正的解决方案通常是未知的，但是，由于真正的解决方案是已知的，因此人造数据的双重分析可能对于评估算法非常有用。

为了将一组已发现的双组分与一组真正的双组分进行比较， 需要两个相似性度量：单个双色团体的相似性度量，以及将这些个体相似度结合到总分中的方法。

为了比较单个双核，已经采用了几种措施。现在，只有Jaccard索引被实现：

![J(A, B) = \frac{|A \cap B|}{|A| + |B| - |A \cap B|}](img/287e15c4b3d9b3f227fdc8e364609382.jpg)

```py
 和  是 biclusters,  是交叉点的元素的数量。
```

Jaccard 索引 达到最小值0，当 biclusters 不重叠的时候，并且当他们相同干的时候，最大值为1。

有些方法已经开发出来，用来比较两个 biclusters 的数据集。 从现在开始 之后 [`consensus_score`](https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.consensus_score.html#sklearn.metrics.consensus_score "sklearn.metrics.consensus_score") (Hochreiter et. al., 2010) 是可以用:

1.  使用 Jaccard 索引或类似措施，计算 biclusters 的 bicluster 相似性。
2.  以一对一的方式将 bicluster 分从一组分配给另一组，以最大化其相似性的总和。该步骤使用匈牙利算法执行。
3.  相似性的最终总和除以较大集合的大小。

最小共识得分为0，发生在所有 biclusters 完全不相似时。当两组 biclusters 相同时，最大分数为1。

参考文献:

*   Hochreiter, Bodenhofer, et. al., 2010\. [FABIA: factor analysis for bicluster acquisition](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2881408/).