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PaddlePaddle
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2月 21, 2023
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modelcenter/PP-HelixFold/introduction_cn.ipynb
modelcenter/PP-HelixFold/introduction_cn.ipynb
+6
-7
未找到文件。
modelcenter/PP-HelixFold/introduction_cn.ipynb
浏览文件 @
639caeee
...
@@ -34,9 +34,9 @@
...
@@ -34,9 +34,9 @@
"为了能复现我们论文中报告的实验结果,需在特定环境下进行实验。\n",
"为了能复现我们论文中报告的实验结果,需在特定环境下进行实验。\n",
"\n",
"\n",
"- python: 3.7\n",
"- python: 3.7\n",
"- cuda: 11.
2
\n",
"- cuda: 11.
6
\n",
"- cudnn: 8.
10.1
\n",
"- cudnn: 8.
4.0
\n",
"- nccl: 2.1
2.12
\n",
"- nccl: 2.1
4.3
\n",
"\n",
"\n",
"\n",
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"## 5. 模型如何使用\n",
"## 5. 模型如何使用\n",
...
@@ -50,7 +50,7 @@
...
@@ -50,7 +50,7 @@
"```bash\n",
"```bash\n",
"git clone https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix.git # download PaddleHelix\n",
"git clone https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix.git # download PaddleHelix\n",
"cd /apps/protein_folding/helixfold\n",
"cd /apps/protein_folding/helixfold\n",
"wget https://
paddle-wheel.bj.bcebos.com/develop/linux/linux-gpu-cuda11.2-cudnn8-mkl-gcc8.2-avx/paddlepaddle_gpu-0.0.0.post112
-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl\n",
"wget https://
baidu-nlp.bj.bcebos.com/PaddleHelix/HelixFold/paddlepaddle_gpu-0.0.0.post116
-cp37-cp37m-linux_x86_64.whl\n",
"sh setup_env\n",
"sh setup_env\n",
"conda activate helixfold # activate the conda environment\n",
"conda activate helixfold # activate the conda environment\n",
"```\n",
"```\n",
...
@@ -58,9 +58,8 @@
...
@@ -58,9 +58,8 @@
"\n",
"\n",
"为了代码运行时支持开启DAP/BP/DP-DAP-BP模式,您还需安装`ppfleetx`。更多详细信息请参考[这里](https://github.com/PaddlePaddle/PaddleFleetX/tree/release/2.4/projects/protein_folding)。\n",
"为了代码运行时支持开启DAP/BP/DP-DAP-BP模式,您还需安装`ppfleetx`。更多详细信息请参考[这里](https://github.com/PaddlePaddle/PaddleFleetX/tree/release/2.4/projects/protein_folding)。\n",
"```bash\n",
"```bash\n",
"git clone https://github.com/PaddlePaddle/PaddleFleetX.git\n",
"wget https://baidu-nlp.bj.bcebos.com/PaddleHelix/HelixFold/ppfleetx-0.0.0-py3-none-any.whl\n",
"git checkout release/2.4 # change branch\n",
"python -m pip install ppfleetx-0.0.0-py3-none-any.whl # install ppfleetx\n",
"python setup.py develop # install ppfleetx\n",
"```\n",
"```\n",
"\n",
"\n",
"### 使用\n",
"### 使用\n",
...
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