diff --git a/drivers/pci/pcie_imx.c b/drivers/pci/pcie_imx.c
index c48737e6c9ef5db44267260374ab2325b4bfab40..a3982c4553e0e5f8ff23bf3be942a44cffffb969 100644
--- a/drivers/pci/pcie_imx.c
+++ b/drivers/pci/pcie_imx.c
@@ -509,10 +509,6 @@ static int imx6_pcie_deassert_core_reset(void)
 
 	imx6_pcie_toggle_power();
 
-	/* Enable PCIe */
-	clrbits_le32(&iomuxc_regs->gpr[1], IOMUXC_GPR1_TEST_POWERDOWN);
-	setbits_le32(&iomuxc_regs->gpr[1], IOMUXC_GPR1_REF_SSP_EN);
-
 	enable_pcie_clock();
 
 	/*
@@ -521,6 +517,10 @@ static int imx6_pcie_deassert_core_reset(void)
 	 */
 	mdelay(50);
 
+	/* Enable PCIe */
+	clrbits_le32(&iomuxc_regs->gpr[1], IOMUXC_GPR1_TEST_POWERDOWN);
+	setbits_le32(&iomuxc_regs->gpr[1], IOMUXC_GPR1_REF_SSP_EN);
+
 	imx6_pcie_toggle_reset();
 
 	return 0;