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fe1ab40a
编写于
3月 09, 2023
作者:
rictjo
提交者:
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3月 09, 2023
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Update quantification.py
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bf6c2d26
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1 changed file
with
7 addition
and
3 deletion
+7
-3
src/impetuous/quantification.py
src/impetuous/quantification.py
+7
-3
未找到文件。
src/impetuous/quantification.py
浏览文件 @
fe1ab40a
...
...
@@ -1622,10 +1622,13 @@ def groupFactorAnalysisEnrichment ( analyte_df:pd.DataFrame , journal_df:pd.Data
#
sidx
=
set
(
analyte_df
.
index
.
values
)
;
nidx
=
len
(
sidx
)
eval_df
=
None
cats
=
[]
for
c
in
find_category_variables
(
formula
):
cs_
=
list
(
set
(
journal_df
.
loc
[
c
].
values
)
)
journal_df
.
loc
[
c
+
',str'
]
=
journal_df
.
loc
[
c
]
journal_df
.
loc
[
c
]
=
[
{
c_
:
i_
for
i_
,
c_
in
zip
(
range
(
len
(
cs_
)),
cs_
)
}[
v
]
for
v
in
journal_df
.
loc
[
c
].
values
]
cats
.
append
(
c
)
vars
=
[
v
.
replace
(
' '
,
''
)
for
v
in
formula
.
split
(
'~'
)[
1
].
split
(
'+'
)
if
np
.
sum
([
c
in
v
for
c
in
cats
])
==
0
]
with
open
(
grouping_file
)
as
input
:
for
line
in
input
:
if
line
[
0
]
==
skip_line_char
:
...
...
@@ -1645,12 +1648,13 @@ def groupFactorAnalysisEnrichment ( analyte_df:pd.DataFrame , journal_df:pd.Data
Xnew
=
dimred
.
fit_transform
(
group
.
T
.
values
)
group_expression_df
=
pd
.
DataFrame
([
Xnew
.
T
[
0
]],
columns
=
analyte_df
.
columns
.
values
,
index
=
[
'Group'
])
cdf
=
pd
.
concat
(
[
group_expression_df
,
journal_df
]
).
T
cdf
=
cdf
.
loc
[
:,[
'Cancer'
,
'Group'
]
].
apply
(
pd
.
to_numeric
)
cdf
=
cdf
.
loc
[
:
,
[
'Group'
,
*
vars
,
*
cats
]
].
apply
(
pd
.
to_numeric
)
linear_model
=
ols
(
'Group~'
+
formula
.
split
(
'~'
)[
1
],
data
=
cdf
).
fit
()
table
=
sm
.
stats
.
anova_lm
(
linear_model
,
typ
=
2
)
rdf
=
group_expression_df
for
idx
in
table
.
iloc
[
0
,:].
index
:
rdf
[
idx
.
replace
(
'PR(>F)'
,
'Group,p'
)]
=
table
.
iloc
[
0
,:].
loc
[
idx
]
for
idx
in
table
.
index
.
values
:
for
jdx
in
table
.
loc
[
idx
].
index
:
rdf
[
idx
+
';'
+
jdx
.
replace
(
'PR(>F)'
,
'Hierarchical,p'
)]
=
table
.
loc
[
idx
].
loc
[
jdx
]
rdf
[
'description'
]
=
gdesc
+
','
+
str
(
L_
)
rdf
[
'analytes'
]
=
str_analytes
rdf
.
index
=
[
gid
]
...
...
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